Проблема:
1. Создаем новую GPO и идем по пути:
Конфигурация пользователя — Настройка — Параметры панели управления — Параметры обозревателя
2. Создаем элемент для нужной нам версии Internet Explorer-а
3. Переходим в закладку «Дополнительные параметры связи«, нужно найти и отключить параметр «Предупреждать о переключении режима безопасности» (находится в самом низу списка).
P.S.
Так же этот параметр можно отключить напрямую отредактировав реестр:
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings
Необходимо изменить значение параметра WarnOnZoneCrossing с 1 на 0.