С помощью FTPZilla или WinSCP подключится к ESXi серверу (предварительно включив доступ по shh через vCenter)
Перейти в каталог /productlocker или vmimages/tools-isoimages
Скопировать для бэкапа имеющиеся там каталоги floppies и vmtools, после этого удалить их содержимое на ESXi сервере.
Скачать свежие дистрибутивы VM Tools (С версии 10.1.0 и выше, поддерживаются только ОС Windows, Linux, Solaris и MAC OS. Для всех остальных ОС рекомендуется использование Open VM Tools)
Распаковать скаченный архив и скопировать содержимое в одноименные папки на сервере ESXi.
Далее VM Tools можно обновить в ручную или через Update Manager. Либо выбрав вариант Power Cycle (обновление будет произведено автоматически при первой же перезагруке ВМ, либо через Remediate (принудительное обновление с перезагрузкой).